民航运输学院明确“依托行业、教学设计一体化、培养以能力本位的民航运输人才”的建设理念，加强学生“专业知识、IT知识、管理知识”三类复合知识，“职业技能、服务能力、创新思维”三类专业能力和“安全意识、服务意识、民航精神”三类职业素养的综合素质培养。开设的专业有民航运输、航空物流、民航电子商务，以及民航运输、航空物流两个中高职贯通专业。

民航运输学院下设有民航商务教研室、航空物流教研室、运输实训教研室和学生工作办公室，拥有一支素质优良的“双师型”师资队伍，现有教职工50 人。共有专职教师31人，年龄结构合理，其中教授1人，副教授11人，高级工程师1人，高级经济师1人，讲师12人，助理讲师5人。民航运输学院80%教师拥有“双师型”证书，并且有在民航各个岗位实践的经验，具有较高的理论和实践水平。多位教师具有民航局职业技能考评员的资质；12位教师拥有中国航协销售代理培训教员资质；4位教师拥有国际航协培训教员资质；6位教师拥有民航局运输司危险品培训教员资质。

民航运输学院十分重视学生能力的培养，注重实践性教学，根据民航单位的岗位需求，逐步形成了基本实践能力与操作技能、专业技术应用能力与专业技能、综合实践能力与综合技能有机结合的教学模式。在教学中积极推行“双证书制”，即培养的学生毕业时持有毕业证书和多个行业职业资格证书或技能鉴定证书。坚持以行业人才需求引领教学改革，突出培养特色，使专业设置与行业需求无缝对接，人才培养目标与岗位技能要求零距离吻合，充分发挥了民航院校的主体作用。近年来，学校加大实训室、实训基地建设力度，投入经费充足。同时，在教委及行业主管部门的大力支持下，建成了上海市职业教育航空服务开放实训中心，拥有民航旅客订座、候机楼旅客离港、机场货运操作、民航集中配载、旅客行李查询、自助行李托运系统、旅客订座系统、国际货运代理、电子商务综合实验等的计算机操作系统和实验实训设备。

民航运输学院在办学理念、办学规模、人才培养等方面，形成了自身的办学优势和特色。在学院整体部署下，大力推进校企深层合作办学，积极探索、建立起“订单式”人才培养等校企合作模式，使学校办学更加依托行业、贴近企业、结合产业。与中国东方航空股份有限公司、中国国际航空股份有限公司、南方航空股份有限公司、上海机场集团、春秋航空公司、吉祥航空公司、东方航空物流有限公司等多个单位建立了良好的业务关系。