航空运输系明确“依托行业、教学设计一体化、培养以能力本位的民航运输人才”的建设理念，即：加强学生人文素质、专业知识、综合技能、职业素养的培养，以能力为本强化专业技能和语言、气质的训练与职业造型的培训，打造服务意识强、特色鲜明的品牌专业。开设的专业有民航运输、航空物流、民航电子商务，以及民航运输、航空物流两个中高职贯通专业。

航空运输系下设有航空商务教研室、航空物流教研室、运输实训教研室和学生工作办公室，拥有一支素质优良的“双师型”师资队伍，现有教职工43人。共有专职教师26人，年龄结构合理，其中副教授6人，高级工程师2人，讲师15人，助理讲师3人。航空运输系80%教师拥有“双师型”证书，并且有在民航各个岗位实践的经验，具有较高的理论和实践水平。多位教师具有民航局职业技能考评员的资质；12位教师拥有中国航协销售代理培训教员资质；4位教师拥有国际航协培训教员资质；6位教师拥有民航局运输司危险品培训教员资质。

航空运输系十分重视学生能力的培养，注重实践性教学，根据民航单位的岗位需求，逐步形成了基本实践能力与操作技能、专业技术应用能力与专业技能、综合实践能力与综合技能有机结合的教学模式。在教学中积极推行“双证书制”，即培养的学生毕业时持有毕业证书和多个行业职业资格证书或技能鉴定证书。坚持以行业人才需求引领教学改革，突出培养特色，使专业设置与行业需求无缝对接，人才培养目标与岗位技能要求零距离吻合，充分发挥了民航院校的主体作用。近年来，学校加大实训室、实训基地建设力度，投入经费充足。同时，在教委及行业主管部门的大力支持下，建成了上海市职业教育航空服务开放实训中心，拥有离港系统、订座系统、货运单证操作、空港货物地面处理操作系统等能基本涵盖本专业的实训设备。

航空运输系在办学理念、办学规模、人才培养等方面，形成了自身的办学优势和特色。在学院整体部署下，大力推进校企深层合作办学，积极探索、建立起“订单式”人才培养等校企合作模式，使学校办学更加依托行业、贴近企业、结合产业。与中国东方航空股份有限公司、中国国际航空股份有限公司、南方航空股份有限公司、上海机场集团、春秋航空公司、吉祥航空公司、东航物流公司等多个单位建立了良好的业务关系。